Mikromacierze cDNA (ang. Complementary DNA array) –nazywane również mikromacierzami nadrukowabymi, z powodu przebiegu procesu ich produkcji. Płytki w tym przypadku wykonuje się najczęściej ze szkła, na które zostaje naniesiona substancja chemiczna wiążąca DNA. Następnie robot wyposażony w szereg igieł, zamacza je w roztworach DNA (dla każdej igły może być przygotowany inny roztwór) następnie nanosząc go na płytkę, tworzy regularną siatkę pól zawierających niewielkie ilości cDNA – są to zazwyczaj pełne sekwencje mRNA ,które to są z syntezowanymi nićmi DNA otrzymanymi za pomocą odwrotnej transkryptazy. Enzym ten katalizuje reakcję syntezy DNA komplementarnego do nici RNA będącej wzorcem. Tak otrzymane nicie można zwielokrotnić za pomocą techniki PCR, otrzymując w efekcie roztwór o wysokim stężeniu cDNA. Ten proces jest bardzo efektywny i dzięki niemu zostały stworzone biblioteki zawierające zbiory sekwencji dla wielu genów występujących w różnorodnych typach komórek. Sekwencje cDNA są w obrębie od 500-2000 zasad, co oznacza że posiadają istotną część genu *ale nie koniecznie cały gen). Hybrydyzacja do tak długich sekwencji jest bardziej specyficzna niż macierzy oligonukleinowych. Ponieważ pojedynczemu genowi odpowiada z reguły tylko jedno pole mikromacierzy cDNA, co umożliwia dalsze rozróżnianie poszczególnych genów.
Analizy danych nie można przeprowadzić w sposób analogiczny do zastosowanego w macierzach oligonukleinowych, ponieważ proces produkcji mikromacierzy charakteryzuje się niższą powtarzalnościom, dodatkowo kontrola ilości DNA zawartego na poszczególnych polach jest stosunkowo trudna. Dlatego do analiz zostają przygotowywane próbki roztworów polegające na systemie dwukrotnego znakowania fluorescencyjnego. Technika ta polega na porównaniu dwóch próbek za pomocą jednej płytki. Jedna z próbek to próbka referencyjna, czyli taka, do której będziemy porównywać drugą próbkę testową. Celem porównania jest wskazanie genów, które wskazują przyrost lub spadek poziomu ekspresji w stosunku do próbki referencyjnej.
Przygotowanie próbki dla mikromacierzy cDNA
Mając dwie próbki tkankowe zostaje osobno z każdej nich wyekstrahowane RNA. Następnie cDna dla próbki referencyjnej jest syntetyzowane z nukleotydów znakowanych zielonym fluoroforem – Cy5, a dla próbki testowej cDNA jest syntetyzowane z nukleotydów znakowanych zielonym fluoroforem czerwonym – Cy3. Mając tak przygotowane roztwory należy je ze sobą zmieszać i nanieść na płytkę cDNA, na której nastąpi hybrydyzacja. Dla obu próbek powinno zachodzić wiązanie się sekwencji do poszczególnych pól macierzy proporcjonalnie względem swoich stężeń – następnie pomiarom podlega intensywność zielonej i czerwonej fluorescencji każdego z pól. Minimalizacja błędu na tym poziomie polega na tym iż iloraz intensywności obu próbek nie powinien zależeć od rozmiaru pola. Jak również istnieje możliwość porównywania wielu różnorodnych wyników eksperymentalnych do tej samej próbki referencyjnej.